Der Abersee, wie der Wolfgangsee ursprünglich hieß, wird zum ersten Mal 790 im Güterverzeichnis von Bischof Arno (Notitia Arnonis) als „Abriani Lacus“ erwähnt.
Das Aberseegebiet samt Jagd- und Fischereirechten war durch eine Schenkung des Bayernherzogs Odilo an den Salzburger Bischof gekommen.
Die Kultivierung wurde unter Anleitung von Mönchen durch bayerische Siedler durchgeführt und war in den Talfluren schon im 13. Jh. abgeschlossen.
Die Christianisierung ging sowohl vom 696 gegründeten Stift St. Peter in Salzburg als auch vom 748 gegründeten Kloster Mondsee aus. Diese Konkurrenzsituation führte häufig zu Streitigkeiten über bestehende Grenzen und Rechte.
Die erste Kirche wurde um 1300 erbaut und dem heiligen Ägydius geweiht.
Nach dem Ortspatron erhielt das bisher Oberdrum genannte, nur 8-10 Häuser umfassende Dorf den Namen St. Gilgen.
Die Kirche wurde 1425 umgebaut, der Unterteil des Turmes und die Vorhalle stammen aus dieser Zeit.
Bis ins 14. Jh. wurde St. Gilgen von Thalgau aus verwaltet, das auch zuständige Pfarre war.
Zum Schutz der landesfürstlichen Grenze wurde um 1326 am Scharflingpass die "Veste Hüttenstein" erbaut.
Um 1400 wurde Hüttenstein Sitz eines eigenen Pflegegerichtes, das die heutigen Gemeinden St. Gilgen und Strobl am Wolfgangsee sowie Fuschl am See verwaltete.
Das Pflegegericht wurde um 1600 nach St. Gilgen verlegt. 1719-1720 ließ der Pfleger Wolfgang Niklas Pertl das neue Gerichtsgebäude erbauen. Hier wurde am 25. Dez. 1720 seine Tochter Anna Maria Walburga geboren, die Mutter W.A. Mozarts.
St. Gilgen wurde um 1570 Vikariat und 1856 zur Pfarre erhoben.
Unter Pfleger Franz Anton Berchtold v. Sonnenburg, dem Schwiegervater von Mozarts Schwester Nannerl, wurde die Pfarrkirche 1767‑1769 gänzlich umgestaltet.
Aus der einheitlichen Barockausstattung sind hervorzuheben:
die von Simeon Friess 1695 geschaffenen Figuren am Hochaltar, eine von Meinrad Guggenbichler stammende Madonna sowie die Paul Troger zugeschriebenen Altarblätter der beiden Seitenaltäre.
Der wohlgeformte Kirchturm erhielt 1705-1728 seine heutige Gestalt.
Bis 1600 blieb St. Gilgen ein kleines Fischer- und Bauerndorf. In der ersten Hälfte des 17. Jh. nahm es einen bescheidenen Aufschwung durch die Spitzenklöppelei und die Aberseer Schüsseldrechslerei. 1701 wurde unter Johann Ernst Graf Thun die Glashütte in Aich gegründet. Die einzige Glasfabrik des Erzbistums wurde um 1820 aufgelassen. Von großer Bedeutung war die Schifffahrt, zumal zahlreiche Wallfahrer in den Pilgerort St. Wolfgang hinüber zu führen waren, außerdem erfolgte der Eisentransport von der Eisenniederlage in Strobl nach St. Gilgen mehr als 300 Jahre lang über den See.
1873 nahm die Dampfschifffahrt ihren Betrieb auf.
In den 1880er Jahren entdeckten Wiener Ärzte und Industrielle St. Gilgen als Sommerfrische und ließen sich schöne Villen am See errichten.
Mit der verkehrstechnischen Erschließung durch die 1893 fertig gestellte Salzkammergut-Lokalbahn vollzog sich dann der endgültige Wandel zum Tourismusort.
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